主人公・切札勝（ジョー）は絵を描くこととデュエマが好きな小学４年生。ある日、空から降ってきた“しゃべるデッキケース”ことデッキーは、ジョーの絵を描く能力を目の当たりにし、彼こそクリーチャー界を統べる存在“デュエル・マスター”に違いないと確信する。ジョーとデッキーが協力して生み出すカード“ジョーカーズ”と共に繰り広げる、新しい「デュエル・マスターズ」の物語。