とつじょとして姿を現した闇の巨大生物メガロ・デストロイトは、自然文明の大地を汚染（おせん）していく。異変に気づいたジョーとミノマルは必死に止めようとするが…
主人公・切札勝（ジョー）は絵を描くこととデュエマが好きな小学４年生。クリーチャーを生み出す能力を持つ“しゃべるデッキケース”ことデッキーと相棒「ジョーカーズ」を生み出し、ライバル達とのデュエルに挑む！ある日、クリーチャー世界の一つ「自然文明」世界へと偶然迷いこんだジョー。そこにはまだ見ぬ脅威「闇文明」からの侵略と闘うクリーチャー四天王の姿があった。四天王との物語が新たに幕を開ける！！
